既2007年11月27-28日在台湾举办“首届海峡两岸森林动态样区研讨会”近一年之后，“第二届海峡两岸森林动态样区研讨会”于2008年10月20-21日在杭州浙江大学召开。来自台湾的台湾大学、林业试验所、东海大学等23人和来自大陆的中国科学院、浙江大学、华东师大、温州大学等35人共58人参加了这次会议。中国科学院植物研究所马克平所长介绍了“CForBio (Chinese Forest Biodiversity Network) 的现状及发展”，东海大学的孙义方教授介绍了“台湾森林动态样区及研究现状”，另有27位专家作了报告。除4个报告比较关注共性技术方面外，其余23个都是关于各样地相关研究的报告(北纬42到21)，内容包括枯落物、种子雨及幼苗动态、物种分布格局及其影响因素和形成机制、树木死亡与补充的影响因素、物种径级分布和多度、丰富度的空间变异等方面。
与上届会议相比，本次会议有5个突出的特点：
1、报告内容丰富：报告内容从上届的大样地基本特征介绍转入具体科学问题的研究，虽然不同样地的工作侧重点有所不同，但是许多研究都已经转向相关生物多样性维持机制的解释，有些研究成果已经发表或投稿于国际知名的生态学刊物，例如Ecology，Oikos, J. of Vegetation Science，Forest Ecology and Management等等。进步之快令人欣喜。
2、报告人明显年轻化：报告人多是来自各个大样地研究团队平均年龄不到30岁的年轻学者和在读研究生，这些年轻人多数都到国外相关研究机构培训过，他们起点高、素质好，基础扎实，事业心强，是一支年富力强、朝气蓬勃的科研力量。
3、开始探索新方法和新技术在大样地研究中的应用，如台湾林业试验所林朝钦先生的“动态样区资料管理：系统与工具”，美国CLEMSON大学宋波教授的“三维可视化模拟与森林长期监测”，中国科学院植物研究所研究生黄建雄提出的“进化谱系多样性测度及应用”，中国科学院华南植物园王峥峰研究员提出的“森林群落种群格局研究中分子遗传标记的应用”，这些理念或方法的应用，必将大大地促进在样地研究工作的深入。
4、一些样地的研究工作及时地与实际问题密切结合，如莲花池样地的崩塌问题，古田山样地的雪灾问题，都发生于2008年，但已经引起科研人员的关注，这些干扰对样地森林生物多样性影响的长期监测将是很有价值的。
5、会议期间讨论热烈、交流充分，同时对“普兰塔”这一交流平台的进一步建设、发展与有更有效地利用，大家给予了高度的关注。
