第八届全国生物多样性信息学研讨会在新疆召开
2023年9月15-16日,第八届全国生物多样性信息学研讨会在新疆乌鲁木齐召开。生物多样性信息学是一个新兴的、快速成长的学科领域,它利用信息学的理论及信息技术手段,收集、处理和共享以物种和生态系统为核心的生物多样性数据,以支持生物多样性保护和持续利用的研究和决策。
会议开幕式由中国科学院生物多样性委员会副秘书长、中国科学院动物研究所纪力强研究员主持。中国科学院生物多样性委员会副主任兼秘书长、中国科学院植物研究所马克平研究员和中国科学院新疆生态与地理研究所所长张元明研究员分别致辞。马克平研究员在致辞中简述了生物多样性信息学的发展,就本次大会的大会报告和专题设置进行了介绍。张元明研究员介绍了中国科学院新疆生态与地理研究所的发展简史以及近年来在生物多样性信息学方面的进展。
为期两天的会议研讨包括了两个大会报告环节和五个专题分会场。纪力强研究员和中国科学院新疆生态与地理研究所副所长张道远研究员主持了第一个大会报告环节。
中国科学院西双版纳热带植物园主任杨永平研究员分享了东南亚地区植物多样性研究的回顾与展望。他介绍了东南亚地区植物多样性研究的简史和现状,主要介绍了东南亚生物多样性中心在开展联合科学考察、重大科学研究、政策咨询与人才培养等方面的工作进展。并就《昆明-蒙特利尔全球生物多样性框架》背景下的东南亚植物研究进行了展望,对东南亚植物多样性研究提出加强国内合作伙伴之间的工作协同和数据共享、加强与东南亚地区机构和科学家的合作交流等建议。
张元明研究员介绍了中亚干旱区植物多样性特征与信息平台的建设。中亚干旱区蕴含着丰富而又独特的抗逆生物资源,但可自由获取的生物多样性信息零散无序、数字化程度低、共享性差。他主要分享了干旱区植物多样性数字化计划的建设背景和当前的进展。该计划以植物名录为主线,关联标本、文献、照片、分布、性状、生境、保护地、人类活动、机构学者等,搭建综合性基础信息和跨学科数据挖掘环境,呈现可视化的中亚干旱区植物多样性大数据平台。
中国科学院北京基因组研究所鲍一明研究员以“国家生物信息中心助力生物多样性研究”为题,介绍了国家生物信息中心(CNCB)-国家基因组科学数据中心(NGDC)的进展。CNCB-NGDC已建成组学原始数据归档库、基因序列数据库、基因组数据库、基因表达数据库、基因组变异数据库、甲基化数据库等60余个数据资源库,形成了多组学、多物种数据库综合系统,并对外提供多组学数据汇交、存储、分析、工具、文献等服务,被国际权威期刊《核酸研究》列为国际主要生物大数据中心之一。
纪力强研究员分享了物种多样性数据平台的建设进展。他介绍了物种多样性数据平台的建设意义和建设目标,系统讲解了平台的设计思路。目前该平台已开发了中国生物物种名录、中国生物分布地图、生命百科、物种识别多媒体库、入侵生物数据库等15个数据库,同时整合了物种数据采集与在线分析工具,研发了生物记、花伴侣、世界有害实蝇识别等17个平台/工具。他还介绍了平台在科学研究、重要入侵害虫风险评估、科学普及、决策支撑等方面的应用成果。
中国科学院地理科学与资源研究所何洪林研究员介绍了长期生态观测的数据集成和应用研究。他简述了国外长期生态观测数据集成和研究发展趋势,系统总结了近年来我国在这一领域的主要进展,包括在数据集成平台建设、数据产品开发共享以及推动联网研究、发展自主知识产权的生态评估模型和方法、支撑全国生态质量评估等。他介绍了近期重点推动的我国典型生态系统状况本底调查和历史数据整编,并展望了我国未来长期生态观测数据集成和研究的发展重点方向。
华东师范大学张健教授和中国科学院华南植物园葛学军研究员主持了第二个大会报告环节。
山水自然保护中心史湘莹博士作了题为“让生物多样性数据成为保护的力量”的大会报告。她介绍了自然观察项目,以在上海进行的“貉以为家”项目为例分享了联合多方机构和公众对国内生物多样性进行调查,建立自然观察生物多样性共享数据库的情况;用为行业提供生物多样性影响评估工具(BiA)的案例来讲述了如何利用公开信息分析生物多样性影响。她还介绍了通过人工和开发AI技术工具建立的社区监测网络与红外相机数据管理系统。
张健教授以“公众科学与生物多样性:成也萧何,败也萧何”为题,简述了公众科学在国内外的发展,探讨了我国科研人员和公众对公众科学的认识,以及如何更准确地翻译公众科学(citizen science)。他通过上海乡土植物调查、基于Biotracks记录评估植物数据完整性、校园植物监测与实验以及绶草观察四个案例,来评估公众科学项目是否可以填补华莱士知识空缺(Wallacean shortfall),讨论了开展生物多样性公众科学项目存在的一些壁垒。
朱丽副研究员分享了中国生物多样性信息学重要进展。她从全球视角总结和剖析了中国生物多样性信息学发展现状、趋势和取得的重要进展,详细介绍了中国生物多样性大数据BioONE共享平台。该平台集成了古生物、物种、遗传资源、植被变化、生态系统、生态环境等跨学科领域多源异构数据,在揭示生命演化历程重要阶段、制定生物多样性保护政策、生态安全评估与生态功能区规划、物种与植被智能识别服务等方面取得了重要进展。
来自乌兹别克斯坦塔什干植物园的Seigei Volis教授应邀作了题为“Patterns of species richness and endemism”的大会报告。在生物多样性评估中,两种最常用的方法是点到网格地图和通过堆叠物种分布建模(S-SDM)生成的栖息地适宜性地图。他利用乌兹别克斯坦的三个单子叶植物属(葱属、郁金香属和独尾草属)的物种丰富度、加权特有性(WE)和校正加权特有性(CWE)这三个指标对这两种方法进行了比较。他的研究结果表明,即使是非常不完整的调查,S-SDM方法也能为阐明生物多样性的空间模式提供有价值的数据。
除大会报告外,本次大会共有来自5个分会场的41个专题报告。
水域生物多样性数据共享与利用专题由中国科学院海洋研究所李富超研究员主持。该专题围绕陆域湖泊、河流、海洋等不同生态系统,研究对象包括了海洋病毒、鱼类、水生植物、深海生物等不同生物类群,现场围绕科学数据的管理和共享、人工智能、先进技术的应用等展开了热烈讨论。
人工智能助力生物多样性信息学专题由中国科学院植物研究所李敏高级工程师主持。专题围绕人工智能在植物、动物在草地、林地及文献中的训练和识别应用进行了进展介绍,探讨了如何通过人工智能更好地服务于生物多样性研究及生物多样性信息学的发展。
生物多样性数据与开放科学专题由中国科学院文献情报中心许哲平副研究馆员和上海辰山植物园陈建平高级工程师主持。专题报告内容丰富,研究角度多样,涵盖了学科发展、科学数据工程、传统知识保护与挖掘和自然教育实践。报告内容既有古生物多样性也有现生生物大数据平台,涉及了海洋生态和到中亚内陆的生物多样性信息学研究。
动物多样性数据共享与利用专题由中国科学院动物研究所林聪田工程师和生态环境部卫星环境应用中心施蕾蕾高级工程师主持。专题围绕动物多样性数据平台建设、数据获取等方面开展研讨,专题报告既有昆虫、鸟类、爬行类等不同动物类群的数据监测、管理、平台建设,还包括了生物4D技术、智慧保护地建设、智能监测体系等新技术的应用。
植物、微生物多样性数据共享与利用专题由中国科学院微生物研究所赵明君工程师和中国科学院新疆生态与地理研究所李文军副研究员主持。专题报告围绕植物和菌物的名称、多样性编目数据库建设和数据获取、数据利用及共享等主题展开,研究水平从基因到物种,研究尺度从地区到全国及全球。
马克平研究员在闭幕式发言中分享了他的参会感受。他表示,通过本次大会的研讨交流,充分体现了我国生物多样性信息学的数据量增长快、平台建设和数据分析能力增强、新技术和方法不断得到应用等特点。当前生物多样性数据已得到了很好的积累,展望未来,他建议科研工作者做好数据挖掘,找好科学问题以及决策者需求,以更好地实现现有数据的价值,实现科学和技术的“走出去”。
本届大会由中国科学院生物多样性委员会主办,中国科学院新疆生态与地理研究所和新疆维吾尔自治区植物学会承办,北京生物多样性科学研究会协办。共有来自乌兹别克斯坦和我国各地62家单位的180人参加了会议。
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